Veterinarski arhiv, Vol. 83 No. 6, 2013.
Izvorni znanstveni članak
Određivanje i validacija novih početnica za učinkovitu genotipizaciju životinjskih rotavirusa G3.
Yashpal S. Malik
orcid.org/0000-0002-2832-4854
; Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Uttar Pradesh, India
Kuldeep Sharma
; Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Uttar Pradesh, India
Nirupama Vaid
; Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Uttar Pradesh, India
Munish Batra
; GB Pant University of Agriculture and Technology, Pantnagar, Uttarakhand, India
Minakshi Prasad
; Animal Biotechnology, CCS Haryana Agricultural University, Haryana, India
Gaya Prasad
; Animal Biotechnology, CCS Haryana Agricultural University, Haryana, India
Baldev R. Gulati
; National Research Center on Equines, Hisar, Haryana, India
Kiran N. Bhilegaonkar
; Indian Veterinary Research Institute, Izatnagar, Uttar Pradesh, India
Sažetak
U radu je opisan problem neuspjeha genotipizacije životinjskih rotavirusa s dosadašnjim početnicama za genotipizaciju G3. Za rješavanje tog problema vrednovane su objavljene i rabljene početnice za G3 sa sekvencijama za VP7 područja genotipizacije izolata rotavirusa podrijetlom od ljudi i životinja. Analiza poravnanja sekvencije pokazala je da rabljene početnice G3 pokazuju veću komplementarnost s izolatima rotavirusa genotipa G6, G8 i G10. Postojeće početnice G3 bile su u devet nukleotida nepodudarne s rotavirusima G3 životinjskog podrijetla. Preinačene početnice za genotipizaciju G3 pokazale su se uspješnima za umnožavanje sva tri izolata G3 podrijetlom od životinja bez pogrješnog umnožavanja bilo kojeg genotipa skupine A rotavirusa odnosno G6 i G10. Preporučuje se upotreba predloženih početnica u molekularnim istraživanjima za dokaz uistinu dominantnih genotipova rotavirusa u životinja.
Ključne riječi
skupina A rotavirusa; životinje; genotip G3; G6; G10; gen VP7; genetska raznolikost; multipla TR-PCR genotipizacija; početnice G3
Hrčak ID:
111820
URI
Datum izdavanja:
9.12.2013.
Posjeta: 1.155 *