Izvorni znanstveni članak

Kulturelna i metagenomska identifikacija mikrobioma kod supkliničkog mastitisa u krava.

Bharat B. Bhanderi ; Department of Veterinary Microbiology, College of Veterinary Science and Animal Husbandry, Anand Agricultural University, Anand, Gujarat, India
Mayurdhvaj K. Jhala ; Department of Veterinary Microbiology, College of Veterinary Science and Animal Husbandry, Anand Agricultural University, Anand, Gujarat, India
Viral B. Ahir ; Department of Animal Biotechnology, College of Veterinary Science and Animal Husbandry, Anand Agricultural University, Anand, Gujarat, India
Vaibhav D. Bhatt ; Department of Animal Biotechnology, College of Veterinary Science and Animal Husbandry, Anand Agricultural University, Anand, Gujarat, India
Chaitanya G. Joshi ; Department of Animal Biotechnology, College of Veterinary Science and Animal Husbandry, Anand Agricultural University, Anand, Gujarat, India

Sažetak

Radi identifikacije mikrobne zajednice u mlijeku provedena je metagenomska i uobičajena kulturelna pretraga uzoraka mlijeka krava sa supkliničkim mastitisom. Ukupno je 77 trostruko križanih Kankrej i Gir mliječnih krava i 301 četvrt vimena bilo pretraženo na supklinički mastitis. Izdvojeno je bilo 106 izolata svrstanih u pet različitih rodova iz 91 četvrti od 41 krave uključujući i 15 četvrti kod kojih je kulturelnom pretragom bila ustanovljena mješovita bakterijska infekcija. Sljedovi mješavine DNA izdvojeni iz uzoraka mlijeka kod supkliničkog mastitisa očitani pirosekvenciranjem bili su analizirani po podsustavu SEED baze podataka „Meta Genome Rapid Annotation with Subsystem Technology (MG-RAST)“. Iz pretraženih uzoraka mlijeka bilo je izdvojeno pet rodova: Staphylococcus, Streptococcus, Micrococcus, Bacillus i Escherichia. Četiri su bila dokazana postupkom pirosekvenciranja: Staphylococcus, Streptococcus, Bacillus i Escherichia, dok Micrococcus nije bio dokazan. S druge strane, pirosekvenciranjem je bilo dokazano 28 bakterijskih vrsta, od kojih su samo dvije, S. aureus i E. coli, bile dokazane klasičnom kulturelnom pretragom. S. agalactiae, treća vrsta identificirana kulturelnom pretragom nije bila dokazana postupkom pirosekvenciranja. Metagenomskom analizom dodatno je bilo dokazano 19 rodova i 26 vrsta u usporedbi s rutinskom kulturelnom pretragom. Mnoge anaerobne bakterije, koje je vrlo teško uzgojiti rutinskim metodama, bile su identificirane metagenomskom analizom.

Ključne riječi

supklinički mastitis; metagenomika; krave

Hrčak ID:

121943

URI

https://hrcak.srce.hr/121943

Datum izdavanja:

28.5.2014.

Podaci na drugim jezicima: engleski

Posjeta: 2.053 *