Original scientific paper
https://doi.org/10.15255/KUI.2024.036
Metavalentne veze u dimerima metalnih elemenata u biomakromolekulama: pristup formiranja baza podataka s dodatnim primjerima podataka za srebro i kalij
Rudolf Kiralj
; Bjelovar University of Applied Sciences, Trg Eugena Kvaternika 4, 43 000 Bjelovar, Croatia
*
* Corresponding author.
Abstract
Homonuklearni dimeri metala postoje u raznovrsnim oblicima, također i kao dijelovi biomakromolekulskih struktura. Cilj ovog rada je naći sve metalne elemente koji stvaraju takve dimere u Protein Data Bank (PDB), razjasniti strukturu i veze dimera raznim strukturnim deskriptorima i statističkim metodama te poduprijeti nove nalaze pomoću dvaju dodatnih istraživanja o klasterima srebra i kalija. Sveukupno je nađeno da 31 metal stvara 565 dimera u kristalnim strukturama biomakromolekula: metali s-bloka (Li, Na, Mg, K, Ca, Rb. Sr, Cs, Ba), prijelazni metali (V, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Mo, Ru, Rh, Pd, Ag, Cd, Au, Hg), metali p-bloka (Ga, Tl, Pb) te lantanidi (La, Eu, Dy, Ho). Ti nalazi čvrsto sugeriraju da svaki metal može stvarati dimere u biomakromolekulama. Pronađeni dimeri imaju metavalentne veze, ili granične metavalentne/kovalentne ili metavalentne/metalne veze. U PDB i drugim strukturnim bazama i literaturnim izvorima pronađen je 761 klaster srebra svih veličina, te su klasteri analizirani u smislu odnosa broja veza po atomu i odstupanja duljine veze. Metavalentne veze ili granične metavalentne/kovalentne ili metavalentne/metalne veze postoje u dimerima i malim klasterima srebra, dok je metalna veza dominantna u većim klasterima. Pretpostavlja se da drugi metali imaju ovakvo ili slično ponašanje. Odnos parcijalnog atomskog naboja i radijusa za 515 klastera kalija, koji su pronađeni u PDB bazi i u drugim bazama i izvorima, pokazuje da dimeri kalija u biomakromolekulama također imaju metavalentne veze ili barem granične metavalentne/kovalentne ili metavalentne/metalne veze, što je prilično jasno iz dijagrama raspršenja preneseni elektroni – dijeljeni elektroni. To je vrlo vjerojatno ponašanje i drugih metala.
Keywords
homonuklearni dimeri metala; biomakromolekulske strukture; metavaletno vezivanje; odnos veza po atomu i odstupanja duljine veze; odnos atomskog naboja i radijusa; odnos prenesenih i dijeljenih elektrona
Hrčak ID:
327849
URI
Publication date:
18.3.2025.
Visits: 410 *