Izvorni znanstveni članak
https://doi.org/10.17113/ftb.58.02.20.6581
Analiza kefirnih zrnaca iz dvaju geografskih područja Grčke metodom sekvenciranja visoke propusnosti
Mary S. Kalamaki
orcid.org/0000-0002-2234-9698
; Division of Science & Technology, American College of Thessaloniki, 17 Sevenidi Street, 55510 Thessaloniki, Greece
Apostolos S. Angelidis
orcid.org/0000-0002-2234-9698
; Department of Hygiene and Technology of Food of Animal Origin, School of Veterinary Medicine, Faculty of Health Sciences, Aristotle University of Thessaloniki, 54124 Thessaloniki, Greece
Sažetak
Pozadina istraživanja. Kefir je prirodni probiotički napitak koji se tradicionalno dobiva fermentacijom mlijeka s kefirnim zrncima. Kefirna zrnca sadržavaju združenu populaciju bakterija i kvasaca uklopljenih u proteinsko-polisaharidni matriks. Geografsko porijeklo kefirnih zrnaca može bitno utjecati na njihov mikrobni sastav, a time i na svojstva dobivenog napitka. Iako u literaturi nalazimo detaljne podatke o sastavu kefirnih zrnaca iz različitih geografskih područja, nema dostupnih informacija o mikrobiomu grčkog kefira. Stoga je svrha ovoga rada bila ispitati strukturu i raznolikost bakterijske zajednice grčkih kefirnih zrnaca.
Eksperimentalni pristup. Metodom sekvenciranja visoke propusnosti ispitani su struktura i raznolikost sastava kefirnih zrnaca iz dvaju geografski udaljenih područja u Grčkoj, radi boljeg razumijevanja raznolikosti bakterijskih populacija u zrncima. Ovaj pristup ispitivanju metagenoma, koji ne ovisi o kulturi, za sekvenciranje koristi gen 16S rRNA sa segmentima oko V4 varijabilne regije.
Rezultati i zaključci. Koljeno Firmicutes (kojem pripadaju i bakterije mliječno-kiselog vrenja), s 99 % sekvenci u oba uzorka kefirnih zrnaca, izrazito je dominiralo među identificiranim bakterijama. Na razini porodice, sekvence Lactobacillaceae bile su zastupljene s više od 98 % jedinica (engl. operational taxonomic units, OTU), zatim slijede: Ruminococcaceae, Lahnospiraceae, Bacteroidaceae, te ostale, manje zastupljene porodice. Relativno je mali broj vrsta bakterija dominirao, od kojih je nazastupljenija bila bakterija Lac¬tobacillus kefiranofaciens, i to s 95,0 % jedinica u kefiru A i 96,3 % jedinica u kefiru B. Međutim, pronađena je vrlo raznolika subdominantna populacija u oba uzorka zrnaca, uključujući i vrste bakterija koje su dosad bile povezivane s probavnim traktom ljudi i životinja. a za neke od njih se smatra da imaju probiotička svojstva (Faecalibacterium spp., Bacteroides spp. i Blautia spp.). Razlike u profilima bakterijskih vrsta između dvaju uzoraka kefirnih zrnaca su vrlo male, što potvrđuje izrazitu homogenost uzoraka usprkos njihovoj velikoj geografskoj udaljenosti.
Novina i znanstveni doprinos. Ovaj rad po prvi put detaljno istražuje raznolikost bakterijskih vrsta i njihovo bogatstvo u grčkom kefiru.
Ključne riječi
kefir; raznolikost bakterijskih vrsta; bogatstvo vrsta; sekvenciranje visoke propusnosti; probiotički napitak
Hrčak ID:
242217
URI
Datum izdavanja:
31.7.2020.
Posjeta: 1.519 *