Short communication, Note
Od sekvencije DNA do kemijske strukture – pretraživanje mikrobnih genomskih i metagenomskih skupova podataka radi pronalaženja novih prirodnih spojeva
Jurica Zucko
; Faculty of Food Technology and Biotechnology, University of Zagreb, Pierottijeva 6, HR-10000 Zagreb, Croatia
Antonio Starcevic
; Faculty of Food Technology and Biotechnology, University of Zagreb, Pierottijeva 6, HR-10000 Zagreb, Croatia
Janko Diminic
; Faculty of Food Technology and Biotechnology, University of Zagreb, Pierottijeva 6, HR-10000 Zagreb, Croatia
Mouhsine Elbekali
; Department of Genetics, University of Kaiserslautern, Postfach 3049, DE-67653 Kaiserslautern, Germany
Mohamed Lisfi
; Department of Genetics, University of Kaiserslautern, Postfach 3049, DE-67653 Kaiserslautern, Germany
Paul F. Long
; School of Pharmacy, University of London, 29/39 Brunswick Square, London WC1N 1AX, United Kingdom
John Cullum
; Department of Genetics, University of Kaiserslautern, Postfach 3049, DE-67653 Kaiserslautern, Germany
Daslav Hranueli
; Faculty of Food Technology and Biotechnology, University of Zagreb, Pierottijeva 6, HR-10000 Zagreb, Croatia
Abstract
Brzo pretraživanje genomskih i metagenomskih skupova podataka, modularnih biosintetskih genskih nakupina poliketid sintaza i sintetaza neribosomalno sintetiziranih peptida, postignuto je
primjenom generičkih računalnih programskih paketa ClustScan i CompGen. Ti programski paketi provode anotaciju hijerarhijskim strukturiranjem podataka na polipeptide, module i domene, te
pohranu i grafičku prezentaciju tih podataka. Na temelju dosadašnjih spoznaja, nastoji se postići najtočnije moguće predviđanje aktivnosti i specifičnosti katalitički aktivnih domena, što vodi prema predviđanju najvjerojatnijih kemijskih struktura koje ti enzimi mogu sintetizirati. Programski paketi ClustScan i CompGen omogućuju generiranje novih genskih nakupina homolognom rekombinacijom anotiranih gena u uvjetima in silico, a upotrijebljeni su i za konstrukciju vlastitih baza podataka poznatih poliketidnih i peptidnih supstancija (CSDB) te potpuno novih poliketidnih i peptidnih supstancija produkata rekombinacije (r-CSDB). Ti će se produkti rekombinacije moći upotrijebiti za izbor supstancija s potencijalnom biološkom aktivnošću pomoću računalom vođenog dizajna lijekova u uvjetima in silico. Primjenjivost programskih paketa ClustScan i CompGen dokazana je u analizi genomskih sekvencija prokariotskih i eukariotskih mikroorganizama što žive u tlu, analizi metagenomske skupine podataka u uzorku iz morske vode, a i na nedavno opisanom primjeru 'zajedničkog metaboličkoga puta' u mikrobnog endosimbionta morske životinje.
Keywords
poliketidi; neribosomalno sintetizirani peptidi; Actinobacteria; homologna rekombinacija
Hrčak ID:
53634
URI
Publication date:
10.6.2010.
Visits: 1.498 *