Kratko priopćenje
https://doi.org/10.17113/ftb.55.02.17.4749
MEGGASENSE – pretraživač (meta)genomski anotiranih sekvencija pomoću govornog jezika – platforma za izradu bioloških skladišta podataka
Ranko Gacesa
; SemGen Ltd., Lanište 5/D, HR-10 000 Zagreb, Croatia
Jurica Zucko
orcid.org/0000-0001-7782-6503
; SemGen Ltd., Lanište 5/D, HR-10 000 Zagreb, Croatia
Solveig K. Petursdottir
; Matis Ltd., Vínlandsleið 12, IS-113 Reykjavík, Iceland
Elisabet Eik Gudmundsdottir
; Matis Ltd., Vínlandsleið 12, IS-113 Reykjavík, Iceland
Olafur H. Fridjonsson
; Matis Ltd., Vínlandsleið 12, IS-113 Reykjavík, Iceland
Janko Diminic
; SemGen Ltd., Lanište 5/D, HR-10 000 Zagreb, Croatia
Paul F. Long
; Institute of Pharmaceutical Science, King’s College London, Franklin-Wilkins Building, Stamford Street, London SE1 9NH, UK
John Cullum
; Department of Genetics, University of Kaiserslautern, Postfach 3049, DE-67653 Kaiserslautern, Germany
Daslav Hranueli
; SemGen Ltd., Lanište 5/D, HR-10 000 Zagreb, Croatia
Gudmundur O. Hreggvidsson
; Matis Ltd., Vínlandsleið 12, IS-113 Reykjavík, Iceland
Antonio Starcevic
; SemGen Ltd., Lanište 5/D, HR-10 000 Zagreb, Croatia
Sažetak
Platforma MEGGASENSE služi za izradu relacijskih baza podataka koje sadržavaju nukleotidne ili proteinske sekvencije. Osnovna funkcionalna analiza zasniva se na primjeni 14 106 profila skrivenih Markovljevih modela (HMM), temeljenih na sekvencijama dostupnim u bazi podataka KEGG. Pomoću tražilice Solr mogu se zadati napredni upiti u sprezi s implementiranom pretragom BLAST. Osnovne funkcionalnosti platforme omogućile su izradu baze podataka SCATT, temeljene na predviđenom proteomu bakterije Streptomyces cattleya. U radu je opisana implementacija specijalizirane metagenomske baze podataka (AMYLOMICS) za „bioprospecting“ enzima koji modificiraju ugljikohidrate. Uz standardno slaganje očitanih kratkih sljedova DNA, razvijen je funkcionalni postupak pretraživanja HMM profila u očitanim slijedovima DNA prije slaganja. Baza podataka AMYLOMICS sadržava i dodatne HMM profile enzima za modifikaciju ugljikohidrata. U radu je prikazano kako se kombinacijom analiza HMM i BLAST mogu identificirati ciljani geni. Platforma MEGGASENSE upotrijebljena je za izradu raznih proteomskih i metagenomskih baza podataka.
Ključne riječi
„bioprospecting“; enzimi za modifikaciju ugljikohidrata; slaganje DNA
Hrčak ID:
183073
URI
Datum izdavanja:
14.6.2017.
Posjeta: 1.755 *