Pregledni rad
https://doi.org/10.31784/zvr.13.1.17
Proširenje brze višepolne metode u eksaskalarnoj molekulskoj dinamici za nekockaste simulacijske kutije
Matea Turalija Reščić
orcid.org/0000-0002-0109-1245
; Sveučilište u Rijeci, Medicinski fakultet u Rijeci, Rijeka, Hrvatska
*
* Dopisni autor.
Sažetak
Tijekom posljednjeg desetljeća, računalne simulacije postale su neizostavan alat za proučavanje i predviđanje fizikalnih i kemijskih procesa. Posebice, simulacije molekulske dinamike koje igraju važnu ulogu u istraživanju bioloških sustava poput proteina, membrana i nukleinskih kiselina. Rastuća složenost ovih simulacija zahtijeva veliku količinu računalnih resursa i razvoj novih naprednijih metoda. Danas možemo proučavati složene sustave koji uključuju milijune atoma i rješavati probleme u mnogim znanstvenim područjima. Uz to, postoji nada za bolje razumijevanje i otkrivanje novih lijekova za mnoge bolesti kao što su virusne infekcije ili autoimunost.U ovom radu analizirana je primjena brze višepolne metode na simulacije molekulske dinamike u nekockastim simulacijskim kutijama. Rezultati pokazuju da je ta metoda učinkovita za kockaste i blago nekockaste kutije s malim brojem čestica, dok veća odstupanja u izračunatim energijama od referentnih nastaju kod većeg broja čestica i kod izraženijih nekockastih kutija. Kako bi se smanjila pogreška kod izračuna energije, uveden je korekcijski faktor ovisno o volumenu kutije i broju čestica, čime je postignuto zamjetno poboljšanje preciznosti metode u terminima izračunate energije.
Ključne riječi
simulacije molekulske dinamike; metoda Ewaldove mreže čestica; brza višepolna metoda; GROMACS
Hrčak ID:
331497
URI
Datum izdavanja:
18.6.2025.
Posjeta: 900 *