Acta Pharmaceutica, Vol. 62 No. 3, 2012.
Original scientific paper
https://doi.org/10.2478/v10007-012-0029-7
Strukturno istraživanje antagonista CXCR2 receptora pomoću CoMFA, CoMSIA i fleksibilnih doking studija
SHRAVAN KUMAR GUNDA
; Bioinformatics Division, Osmania University, Hyderabad-500007, Andhra Pradesh, India
ROHITH KUMAR ANUGOLU
; Bioinformatics Division, Osmania University, Hyderabad-500007, Andhra Pradesh, India
SRI RAMYA TATA
; Bioinformatics Division, Osmania University, Hyderabad-500007, Andhra Pradesh, India
SAIKH MAHMOOD
; Bioinformatics Division, Osmania University, Hyderabad-500007, Andhra Pradesh, India
Abstract
U radu je opisano trodimenzijsko ispitivanje kvantitativnog odnosa strukture i antagonističkog djelovanja na CXCR2 receptore (3D QSAR) u seriji od 56 N,N'-diarilskvaramida, N,N'-diarilurea i diaminociklobutendiona. Provedene studije uključuju komparativnu analizu molekulskih polja (CoMFA) i komparativnu analizu indeksa molekulske sličnosti (CoMSIA). Modeli s dobrom predvidljivošću izvedeni su pomoću CoMFA q2 = 0,709, r2 (neunakrsno-validirani kvadrat koeficijenta korelacije) = 0,951, F = 139,903, r2 bs = 0,978 s pet komponenata, standardnom pogreškom procjene 0,144 i CoMSIA q2 = 0,592, r2 = 0,955, F = 122,399, r2 bs = 0,973 sa šest komponenata, standardnom pogreškom procjene 0,141. Osim toga, model homologije CXCR2 receptora upotrijebljen je za svrstavanje spojeva doking metodom. Najaktivniji spoj poslužio je kao predložak za svrstavanje preostalih struktura. Nadalje, mapiranjem kontura na aktivno mjesto spojevi su se uzajamno vrednovali kroz ostatke s obzirom na svoje konture. Ovo integrirano svrstavanje na temelju molekulskog dokinga i naknadnih 3D QSAR studija pomoglo je dizajniranju CXCR2 antagonista s poboljšanom aktivnosti. In silico pretraživanje prilagođeno je QSAR modelu sa svrhom predviđanja strukture novih, potencijalno aktivnih spojeva.
Keywords
CXCR2; model homologije; CoMFA; CoMSIA; PLS; doking
Hrčak ID:
81780
URI
Publication date:
30.9.2012.
Visits: 1.675 *