Original scientific paper
https://doi.org/10.5513/JCEA01/17.2.1704
Úroveň celogenómovej väzbovej nerovnováhy u pinzgauského dobytka
Veronika Šidlová
orcid.org/0000-0002-4099-341X
; Slovak University of Agriculture in Nitra, Department of Animal Genetics and Breeding Biology, Tr. A. Hlinku 2, 949 76 Nitra, Slovak Republic
Radovan KASARDA
orcid.org/0000-0002-2723-3192
; Slovak University of Agriculture in Nitra, Department of Animal Genetics and Breeding Biology, Tr. A. Hlinku 2, 949 76 Nitra, Slovak Republic
Nina MORAVČÍKOVÁ
orcid.org/0000-0003-1898-8718
; Slovak University of Agriculture in Nitra, Department of Animal Genetics and Breeding Biology, Tr. A. Hlinku 2, 949 76 Nitra, Slovak Republic
Anna TRAKOVICKÁ
; Slovak University of Agriculture in Nitra, Department of Animal Genetics and Breeding Biology, Tr. A. Hlinku 2, 949 76 Nitra, Slovak Republic
Ino CURIK
; University of Zagreb, Department of Animal Sciences, Svetošimunska 25, 10 000 Zagreb, Croatia
Maja FERENČAKOVIĆ
; University of Zagreb, Department of Animal Sciences, Svetošimunska 25, 10 000 Zagreb, Croatia
Abstract
Cieľom tejto štúdie bolo popísať úroveň väzbovej nerovnováhy (LD) u pinzgauského dobytka s použitím genotypových údajov. Boli získané DNA vzorky od 19 býkov aktívnej populácie pinzgauského dobytka na Slovensku, ktoré boli ďalej spracované v komerčnom laboratóriu pomocou bovinného SNP50 čipu od firmy Illumina. Molekulárno-genetické dáta obsahovali 54 609 jednonukleotidových polymorfizmov (SNPs). Pri kontrole kvality údajov boli odstránené SNPs lokalizované na pohlavných chromozómoch, pričom 79,97% z nich (42 248 SNPs) bolo polymorfných. Ich rozmiestnenie na jednotlivých chromozómoch nebolo uniformné. Frekvencia minoritnej alely autozomálnych lokusov dosiahla priemernú hodnotu 0,273 ± 0,133, v rozmedzí od 0,266 (BTA4) do 0,280 (BTA23). Pre popísanie úrovne LD boli použité len susedné SNPs s maximálnou vzdialenosťou 5 Mb a hodnotou LD (r2) od 0,01 do 0,99. Následne bolo získaných 31 063 markérov v celkovej dĺžke 2 519 232 kb, pokrývajúce všetky autozomálne úseky genómu. Priemerná vzdialenosť medzi susednými SNPs bola 46,89 ± 47,48 kb a stúpala od 43,65 kb (BTA25) od 52,59 kb (BTA5) na jednotlivých autozómoch s rozmiestnením SNPs od 633 (79,13%) na chromozóme 29 do 1123 (83,62%) na chromozóme 14. Priemerná LD dosahovala hodnotu 0,189 – 0,234 pre chromozóm 29 a 21, v uvedenom poradí. Na základe fyzickej vzdialenosti medzi markérmi boli hodnoty r2 všetkých 29 autozomálnych chromozómov rozdelené do skupín a priemerné hodnoty za každú skupinu použité pre analýzu vplyvu vzdialenosti na LD. Výsledky našej práce ukázali rýchly pokles LD s rastúcou vzdialenosťou medzi markérmi. Ďalšie výskumy budú zamerané na odhad efektívnej veľkosti populácie odvodenej z LD, čo môže zlepšiť naše vedomosti o genetickej diverzite a jej použití pre zachovanie plemena v jeho originálnej podobe s podporou selekčných systémov a šľachtiteľských programov.
Keywords
bovinný SNP50 čip; genetická diverzita; vzdialenosť medzi markérmi
Hrčak ID:
158954
URI
Publication date:
2.6.2016.
Visits: 1.358 *