Veterinary Archives, Vol. 94 No. 4, 2024.
Original scientific paper
https://doi.org/10.24099/vet.arhiv.2355
Usporedna genomska analiza u diferencijaciji različitih biovarova bakterije Brucella suis
Kumaragurubaran Karthik
; Veterinary College and Research Institute, Udumalpet, Tamil Nadu Veterinary and Animal Sciences University, Chennai, India
Subbaiyan Anbazhagan
; ICMR-National Animal Resource Facility for Biomedical Research, Hyderabad, India
Seeralan Manoharan
; Vaccine Research Centre- Bacterial Vaccines, Centre for Animal Health Studies, Tamil Nadu Veterinary and Animal Sciences University, Chennai, India
*
* Corresponding author.
Abstract
Soj Brucella suis TANUVAS_1 izoliran je u svinja s pobačajem te je sekvenciran cijeli genom tog soja. U istraživanju je provedena usporedna genomska analiza sojeva B. suis (n=33), uključujući novosekvencirani soj TANUVAS_1, kako bi se utvrdila točna diferencijacija biovarova. Da bi se ublažili nedostatci konvencionalnih tehnika identifikacije biovarova, u ovom je radu primijenjen cjelovit pristup genomu. Filogenetskom su analizom cijeloga genoma sojevi B. suis jasno diferencirani na osnovi biovarova. Potvrđeno je postojanje ukupno 43 gena virulencije, među kojima je gen btpA bio prisutan u samo 14 sojeva, dok je gen wbkA bio prisutan u 19 sojeva. Tipizacija sekvenciranjem na više lokusa (MLST) pokazala je pet različitih sekvencijskih tipova (14, 15, 16, 17 i 19), a najveći je broj sojeva pripadao ST-u 14. MLST analizom genoma ustanovljeno je 6 različitih ST-ova, a najveći je broj sojeva pripadao ST-u 50. Pangenomska analiza sojeva pokazala je da je ukupno 1948 gena (30,47%) pripadalo osnovnim genima, a 4445 gena (69,53%) bili su akcesorni geni, upućujući na to da genom B. suis ima otvorenu pangenomsku strukturu. Analiza jednonukleotidnih polimorfizama (SNP) otkrila je 17 SNP-ova specifičnih za biovar 1, 2142 SNP-a specifična za biovar 2, 673 SNP-a specifična za biovar 3, 714 SNP-ova specifičnih za biovar 4 i 2308 SNP-ova specifičnih za biovar 5. Rezultati su pokazali da se cgMLST može upotrijebiti za preciznu diferencijaciju sojeva na temelju biovarova. Također, SNP-ovi specifični za biovar mogu poslužiti za razvoj molekularnih testova kojima se biovarovi diferenciraju.
Keywords
Brucella suis; usporedna genomska analiza; geni specifični za biovar; SNP-ovi specifični za biovar; geni virulencije
Hrčak ID:
318858
URI
Publication date:
10.5.2024.
Visits: 294 *