hrcak mascot   Srce   HID

Izvorni znanstveni članak

Premošćivanje jaza između tehnologije mikropostroja i rutinske kliničke dijagnostike: pristup smanjenju dimenzionalnosti profila genske ekspresije zasnovan na slučajnim šumama

Željko Debeljak

Puni tekst: hrvatski, pdf (266 KB) str. 150-162 preuzimanja: 401* citiraj
APA 6th Edition
Debeljak, Ž. (2006). Premošćivanje jaza između tehnologije mikropostroja i rutinske kliničke dijagnostike: pristup smanjenju dimenzionalnosti profila genske ekspresije zasnovan na slučajnim šumama. Biochemia Medica, 16 (2), 150-162. Preuzeto s https://hrcak.srce.hr/9648
MLA 8th Edition
Debeljak, Željko. "Premošćivanje jaza između tehnologije mikropostroja i rutinske kliničke dijagnostike: pristup smanjenju dimenzionalnosti profila genske ekspresije zasnovan na slučajnim šumama." Biochemia Medica, vol. 16, br. 2, 2006, str. 150-162. https://hrcak.srce.hr/9648. Citirano 26.11.2020.
Chicago 17th Edition
Debeljak, Željko. "Premošćivanje jaza između tehnologije mikropostroja i rutinske kliničke dijagnostike: pristup smanjenju dimenzionalnosti profila genske ekspresije zasnovan na slučajnim šumama." Biochemia Medica 16, br. 2 (2006): 150-162. https://hrcak.srce.hr/9648
Harvard
Debeljak, Ž. (2006). 'Premošćivanje jaza između tehnologije mikropostroja i rutinske kliničke dijagnostike: pristup smanjenju dimenzionalnosti profila genske ekspresije zasnovan na slučajnim šumama', Biochemia Medica, 16(2), str. 150-162. Preuzeto s: https://hrcak.srce.hr/9648 (Datum pristupa: 26.11.2020.)
Vancouver
Debeljak Ž. Premošćivanje jaza između tehnologije mikropostroja i rutinske kliničke dijagnostike: pristup smanjenju dimenzionalnosti profila genske ekspresije zasnovan na slučajnim šumama. Biochemia Medica [Internet]. 2006 [pristupljeno 26.11.2020.];16(2):150-162. Dostupno na: https://hrcak.srce.hr/9648
IEEE
Ž. Debeljak, "Premošćivanje jaza između tehnologije mikropostroja i rutinske kliničke dijagnostike: pristup smanjenju dimenzionalnosti profila genske ekspresije zasnovan na slučajnim šumama", Biochemia Medica, vol.16, br. 2, str. 150-162, 2006. [Online]. Dostupno na: https://hrcak.srce.hr/9648. [Citirano: 26.11.2020.]
Puni tekst: engleski, pdf (266 KB) str. 150-162 preuzimanja: 187* citiraj
APA 6th Edition
Debeljak, Ž. (2006). Bridging the gap between microarray technology and routine clinical diagnostics: a Random Forest approach to the gene expression profile dimensionality reduction. Biochemia Medica, 16 (2), 150-162. Preuzeto s https://hrcak.srce.hr/9648
MLA 8th Edition
Debeljak, Željko. "Bridging the gap between microarray technology and routine clinical diagnostics: a Random Forest approach to the gene expression profile dimensionality reduction." Biochemia Medica, vol. 16, br. 2, 2006, str. 150-162. https://hrcak.srce.hr/9648. Citirano 26.11.2020.
Chicago 17th Edition
Debeljak, Željko. "Bridging the gap between microarray technology and routine clinical diagnostics: a Random Forest approach to the gene expression profile dimensionality reduction." Biochemia Medica 16, br. 2 (2006): 150-162. https://hrcak.srce.hr/9648
Harvard
Debeljak, Ž. (2006). 'Bridging the gap between microarray technology and routine clinical diagnostics: a Random Forest approach to the gene expression profile dimensionality reduction', Biochemia Medica, 16(2), str. 150-162. Preuzeto s: https://hrcak.srce.hr/9648 (Datum pristupa: 26.11.2020.)
Vancouver
Debeljak Ž. Bridging the gap between microarray technology and routine clinical diagnostics: a Random Forest approach to the gene expression profile dimensionality reduction. Biochemia Medica [Internet]. 2006 [pristupljeno 26.11.2020.];16(2):150-162. Dostupno na: https://hrcak.srce.hr/9648
IEEE
Ž. Debeljak, "Bridging the gap between microarray technology and routine clinical diagnostics: a Random Forest approach to the gene expression profile dimensionality reduction", Biochemia Medica, vol.16, br. 2, str. 150-162, 2006. [Online]. Dostupno na: https://hrcak.srce.hr/9648. [Citirano: 26.11.2020.]

Sažetak
Uvod: Analiza genske ekspresije zasnovana na mikropostrojima je tijekom proteklog desetljeća prepoznata kao koristan alat od strane znanstvene zajednice, ali nije ušla u rutinsku dijagnostičku primjenu. Kako je skupa i podložna značajnim eksperimentalnim varijacijama, na trenutnom tehnološkom stupnju razvoja ta tehnologija nije prikladna za rutinske kliničko-dijagnostičke primjene. U svrhu premošćivanja jaza između mogućnosti navedene tehnologije i potreba kliničke dijagnostike razvijeni su različiti računalni alati za smanjenje dimenzionalnosti. Njihova osnovna svrha je odabir malog skupa kandidata za biomarkere iz ogromnog skupa sadržanog u profilima genske ekspresije prikladnog za rutinsko postavljanje dijagnoze.
Cilj: Slučajna šuma (engl. Random Forest, RF) se nametnula kao pouzdan pretkazatelj. Ipak, njene su mogućnosti u odabiru relevantnih gena privukle manje pažnje. Cilj ove studije je evaluacija prikladnosti na RF-u zasnovanoga odabira biomarkera iz skupova genskih profila. Tri takva skupa, preuzeta iz literature, prikupljena tijekom manjih kliničkih pokusa izabrana su u navedenu svrhu.
Rezultati: Dobiveni rezultati ukazuju da RF može lako identificirati dobre uni-varijatne klasifikatore, tj. pojedinačne biomarkere kada je složenost skupa mala. Za nešto složenije probleme pouzdani dvodimenzionalni klasifikator može se također pronaći. Ipak, ako je odnos između dijagnoze/prognoze i profila genske ekspresije vrlo složen ili ako je skup premalen, na RF-u zasnovano smanjenje dimenzionalnosti ne omogućava odabir pouzdanog skupa kandidata za biomarkere.
Zaključci: Unutar ograničenja zadanih složenošću skupa RF predstavlja prikladan alat za izbor kandidata za biomarkere.

Ključne riječi
genska ekspresija; mikropostroj; probiranje biomarkera; slučajne šume; izbor svojstava

Hrčak ID: 9648

URI
https://hrcak.srce.hr/9648

[engleski]

Posjeta: 1.009 *