Izvorni znanstveni članak

Analiza sinergizama u biokemijskim mrežama

Želimir Kurtanjek ; Sveučilište u Zagrebu, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Pierottijeva 6, HR-10000 Zagreb, Hrvatska

Sažetak

U radu je predložen pristup analizi sinergizma u matematičkim modelima biokemijskih mreža na osnovi teorije vjerojatnosti. Zasniva se na gledištu da se informacija o značajnosti parametra ocjenjuje kao dio interakcije svih parametara modela. Naprimjer, ovim se pristupom uzima u obzir nesigurnost u procjeni aktivnosti enzima i kinetičkih parametara koji sudjeluju u kinetičkom modelu mreže i/ili koncentracije metabolita i kofaktora uključenih u interakciju između metaboličkog puta i perturbacija unutar stanice. Parametri se promatraju kao slučajne varijable s pretpostavljenim pripadajućim raspodjelama vjerojatnosti i određuje se ukupni učinak njihove varijabilnosti na metaboličke tokove u mreži. Kvantitativna mjera sinergizma pojedinih parametara, koji su u interakciji s parametrima modela, definira se kao razlika između cjelokupne očekivane vrijednosti uvjetovane varijance komplementarnih parametara i varijance uvjetovane očekivane vrijednosti pojedinog parametra. Ta se razlika izražava relativno s obzirom na ukupnu varijancu. Da bi se to ilustriralo, predloženi je postupak primijenjen za dva jednostavna primjera i jedan kompleksni model. Prvi je primjer analiza sinergizma između aktivatora i supstrata u mehanizmu „uni-uni tip I“, a drugi evaluacija sinergizma između enzima koji serijskim nizom reakcija sudjeluju u metaboličkom toku. Kao primjer složenog sustava analiziran je sinergizam interakcije fluksa glikogenolize u mišićnoj stanici i kofaktora na razini cjelokupne stanice.

Ključne riječi

sinergizam; analiza sustava; biokemijske mreže; MathSBML; FAST

Hrčak ID:

57569

URI

https://hrcak.srce.hr/57569

Datum izdavanja:

9.8.2010.

Podaci na drugim jezicima: engleski

Posjeta: 1.212 *