Review article

Interakcije receptora i liganda pod lupom spektroskopije NMR

P: Tepeš ; Faculty of Geotechnical Engineering, University of Zagreb, Zagreb, Croatia
P. Novak ; Faculty of Science, University of Zagreb, Zagreb, Croatia

Abstract

Spektroskopija NMR danas je metoda odabira za izučavanje interakcija biomolekula s potencijalnim ligandima, što predstavlja jedan od glavnih preduvjeta za dizajn lijekova na racionalnim osnovama. Najvažniji doprinos spektroskopije NMR dizajnu lijekova do prije nekoliko godina bilo je rješavanje 3D strukture proteina. Uz to što nam spektroskopija NMR daje podatke o 3D strukturi slobodnih proteina kao sirove podatke za molekulsko modeliranje vezanja liganada, NMR nam izravno može dati važne eksperimentalne informacije o samim biološki važnim kompleksima. Za razliku od rendgenske strukturne analize spektroskopijom NMR može se proučavati dinamika kako samih velikih biomolekula tako i dinamika kompleksa biomolekula i potencijalnih liganda. Tako je moguće proučavanjem promjena u NMR parametrima prilikom vezanja kvalitativno (npr. "SAR by NMR") i kvantitativno (promjene kemijskih pomaka i vremena relaksacije, difuzijski NMR eksperimenti itd.) odrediti sklonosti vezanja liganada. Također je moguće i uporabom metoda kao što su npr. tr-NOESY, STD, WaterLOGSY i dr. odrediti i mjesto vezanja, odnosno dobiti informacije o konformaciji proteina, liganda ili njihovog kompleksa te epitope, tj. skupine na ligandu koje su u neposrednoj blizini mjesta vezanja. U posljednje vrijeme razvijen je velik broj tehnika NMR za izučavanje interakcija ligand-receptor, no u ovome radu opisane su samo neke od njih te su pokazane njihove prednosti i nedostaci.

Keywords

Nuklearna magnetska rezonancija; receptor; ligand; kompleks receptor-ligand; NMR parametri; struktura; sklonost vezanju; aktivno mjesto; konstanta disocijacije; difuzija; NOE; epitopi

Hrčak ID:

23680

URI

https://hrcak.srce.hr/23680

Publication date:

10.4.2008.

Article data in other languages: english

Visits: 1.947 *