Review article
https://doi.org/10.15255/KUI.2015.025
50-Godišnjica Cambridge Structural Database i 30-godišnjica uporabe u Hrvatskoj
B. Kojić-Prodić
; Rudjer Bošković Institute, Bijenička c. 54, POB 180, HR-10 002 Zagreb, Croatia
K. Molčanov
; Rudjer Bošković Institute, Bijenička c. 54, POB 180, HR-10 002 Zagreb, Croatia
Abstract
Prikaz je posvećen uspomeni na dr. F. H. Allena i obilježavanju 50-godišnjice The Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC), svjetski poznatog centra, koji pohranjuje i provjerava kristalografske podatke, uključujući koordinate atoma koje određuju trodimenzijsku strukturu organskih molekula i metalnih kompleksa s organskim ligandima. Misija institucije istaknuta na njezinim web-stranicama je jasna: “Centar za kristalografske podatke u Cambridgeu (CCDC) potpomaže napredak kemije i kristalografije za sveopću dobrobit pružajući kvalitetne informacije, softver i podršku.” Baza strukturnih podataka u Cambridgeu (CSD), jedna je od prvih elektroničkih i najznačajnijih baza u svijetu. U Međunarodnoj godini kristalografije 2014., u prosincu, Centar je obznanio 750.000. pohranjenu strukturu. Upotreba opsežne baze podataka, koja se brzo povećava, zahtijeva podršku u dobro osmišljenom i učinkovitom softveru za provjeru, pretraživanje, analizu i vizualizaciju strukturnih podataka. Prestižna je uloga te baze u istraživanjima povezanim s kristalografijom, kemijom, znanošću o materijalima, fizikom i kemijom krutog stanja, (bio)tehnologijom, znanošću o životu, te farmakologijom, posebno u oblikovanju lijekova. CCDC posvećuje posebnu pažnju točnosti pohranjenih podataka i razvoju softvera za tu namjenu (CIF). Jedan od najvažnijih softvera za korisnike je ConQuest, koji omogućava pretraživanje svih informacija u bazi CSD-a, te njegovo postavljanje na mreži u interaktivnom obliku pod imenom WebCSD. Za vizualizaciju kristalnih struktura i morfologije kristala, uključujući analizu intramolekularnih i intermolekularnih interakcija te topološke oznake vodikovih veza, kao i svih geometrijskih podataka, na raspolaganju je Mercury. Centar (CCDC) pruža još veće mogućnosti korisnicima razvijajući kompleksne softvere poput GOLD, IsoStar i SuperStar te DASH, kao i opsežne elektroničke biblioteke poput Mogula i Relibase. CCDC je pružio novu mogućnost korištenjem Mercuryjeva modula Solid Form. Takvi složeni i zahtjevni projekti mogu se ostvarivati samo s veoma kvalitetnim timom stručnjaka sa znanstvenim pristupom, temeljeći se na dugogodišnjoj tradiciji u kristalografiji, modeliranju i informatici. Sama baza, raznolik softver i alati za pretraživanje afirmirali su se u istraživanju, nastavi i stručnoj izobrazbi. Primjena elektroničkih medija i računalne grafike čini “data mining” učinkovitima i korisnima, ali i estetski privlačnim zbog molekularne arhitekture. Možemo očekivati još više unapređenja zbog uporabe “računarstva u oblacima” (cloud computing) i rukovanja opsežnim podacima (Big Data); umrežavanje podataka iz srodnih baza pomoći će da prepoznamo sakrivena svojstva molekula i kristala i informacija koje mogu otkriti nove važne spoznaje. Od 1985. Strukturna baza podataka u Cambridgeu (CSD) dostupna je korisnicima u Hrvatskoj. Upotreba te baze u Hrvatskoj ilustrirana je s nekoliko primjera autora ovog prikaza i nekih korisnika.
Keywords
Kristalografska baza podataka; baza strukturnih podataka u Cambridgeu (CSD); kristalna struktura; molekularna struktura
Hrčak ID:
141675
URI
Publication date:
15.7.2015.
Visits: 2.060 *