Original scientific paper
https://doi.org/10.5513/JCEA01/19.2.2151
Využitie MALDI-TOF hmotnostnej spektrometrie na rýchlu identifikáciu druhov Beauveria bassiana a Beauveria pseudobassiana
Nikola Hricakova
orcid.org/0000-0001-8363-3740
; Department of Microbiology, Faculty of Biotechn ology and Food Sciences, Slovak University of Agriculture in Nitra, Nitra, Slovakia
Juraj Medo
; Department of Microbiology, Faculty of Biotechn ology and Food Sciences, Slovak University of Agriculture in Nitra, Nitra, Slovakia
Lukáš Hleba
; Department of Microbiology, Faculty of Biotechn ology and Food Sciences, Slovak University of Agriculture in Nitra, Nitra, Slovakia
Marek Barta
; Arboretum Mlyňany, Slovak Academy of Sciences, Arboretum Mlyňany SAV, Slepčany, Slovakia
Jana Makova
; Department of Microbiology, Faculty of Biotechn ology and Food Sciences, Slovak University of Agriculture in Nitra, Nitra, Slovakia
Abstract
Rod Beauveria patrí medzi entomopatogénne huby využívané v biologickej regulácii hmyzích škodcov v poľnohospodárstve. Identifikácia druhov je založená na pozorovaní morfologických, fylogenetických a genetických rozdielov. V súčasnosti sa do popredia dostáva aj MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization-Time of Flight) hmotnostná spektrometria, ktorá v prípade rodu Beauveria nebola doposiaľ testovaná. Cieľom našej práce bolo zhodnotiť možnosť využívan ia tejto metódy na základe porovnania s genetickou analýzou. Použitých bolo 20 kmeňov B. bassiana a B. pseudobassiana, získaných izoláciou z kadáverov hmyzu, komerčne dostupných prípravkov a pôdnych vzoriek. Na genetickú identifikáciu kmeňov bol použitý región ITS (Internal Transcribed Spacer). Výsledné sekvencie a analýzy proteínových spektier vzoriek boli porovnávané s referenčnými kmeňmi B. bassiana a B.pseudobassiana. Výsledky identifikácie s využitím softvéru MALDI Biotyper boli správne pre všetky analyzované kmene. Identifikácia bola spoľahlivá s vysokým log skóre (>2.1) pre väčšinu kmeňov. Len v jedinom prípade – kmeň GHA, izolovaný z mykoinsekticídu Botanigard, bolo skóre nižšie ako 1. Výsledkom oboch analýz bol dendrogram (fylogenetický strom), ktorý poukázal na zhodnú klasifikáciu s referenčnými kmeňmi. MALDI-TOF identifikáciu húb z rodu Beauveria je možné využiť na rýchlu a spoľahlivú diagnostiku izolátov entomopatogénnych húb získaných z prostredia a výsledky využiť v systémoch biologickej ochrany lesných a poľnohospodárskych ekosystémov.
Keywords
analýza proteínových spektier; Beauveria; genetická analýza
Hrčak ID:
201840
URI
Publication date:
20.6.2018.
Visits: 1.063 *