Izvorni znanstveni članak
Jako eksprimirani geni morske spužve Suberites domuncula daju prednost citozinu i gvaninu na trećoj poziciji kodona
Drago Perina
; Department of Molecular Biology, Ruđer Bošković Institute, Bijenička 54, HR-10000 Zagreb, Croatia
Matija Harcet
; Department of Molecular Biology, Ruđer Bošković Institute, Bijenička 54, HR-10000 Zagreb, Croatia
Andreja Mikoč
; Department of Molecular Biology, Ruđer Bošković Institute, Bijenička 54, HR-10000 Zagreb, Croatia
Kristian Vlahoviček
; Faculty of Science, Division of Biology, Molecular Biology Department, Horvatovac 102a, HR-10000 Zagreb, Croatia
Werner E. G. Müller
; Institute for Physiological Chemistry, Department for Applied Molecular Biology, Johannes Gutenberg University, Duesbergweg 6, D-55099 Mainz, Germany
Helena Ćetković
; Department of Molecular Biology, Ruđer Bošković Institute, Bijenička 54, HR-10000 Zagreb, Croatia
Sažetak
Spužve su najprimitivniji živi pripadnici Metazoa i ujedno najbliže zajedničkom pretku svih višestaničnih životinja. Bazu podataka za analizu upotrebe kodona iz morske spužve Suberites domuncula (Demospongia) predstavljaju ukupno 223 kodirajuće sekvencije. Prosječni je udjel gvanina i citozina u 46 038 kodona bio 45,8 %, a njihov prosječni udjel na trećoj poziciji kodona 43,4 %. U ovom su uzorku uočene bitne razlike u upotrebi kodona koji kodiraju istu aminokiselinu. Udjel gvanina i citozina u kodirajućim sljedovima nukleotida varira od 34 do 56,1 %, a udjel gvanina i citozina na trećoj poziciji kodona od 19 do 58,7 %. Statistička metoda 'Correspondence analysis' pokazala je da jako eksprimirani geni više koriste preferirane kodone. Utvrđeno je ukupno 15 preferiranih kodona, a svi osim jednog završavaju sa citozinom ili gvaninom. Davanje prednosti citozinu ili gvaninu na trećoj poziciji kodona jako eksprimiranih gena vjerojatno se pojavilo već kod zajedničkog pretka spužva i drugih Metazoa te sačuvalo tijekom evolucije spužva.
Ključne riječi
Porifera; Suberites domuncula; upotreba kodona
Hrčak ID:
39843
URI
Datum izdavanja:
7.8.2009.
Posjeta: 2.315 *